Я с базами особенно аккуратно стараюсь обращаться, но случается конечно и такое, от неприятностей здесь нет стопроцентной защиты. Единственное что могу посоветовать, так это грамотная статья по теме как восстановить удаленные файлы базы данных MySQL https://hetmanrecovery.com/ru/recovery_news/restoring-deleted-mysql-database-files.htm . Там дана подробная инструкция на все случаи, и рассказано о правильных инструментах, которые желательно использовать.